蛋白純化，是一項(xiàng)既復(fù)雜又嚴(yán)謹(jǐn)?shù)墓ぷ鳎诒ＷC純度外，還要求保持其生物學(xué)活性。蛋白質(zhì)純化常見(jiàn)的方法有：親和層析法、離子交換層析法、疏水層析法、凝膠過(guò)濾層析法等。

　　蛋白質(zhì)純化方法之親和層析法，主要依靠蛋白質(zhì)與介質(zhì)配體間特異性的可逆結(jié)合作用進(jìn)行分離。配體可直接與目標(biāo)蛋白質(zhì)結(jié)合，也可以與蛋白質(zhì)共價(jià)結(jié)合的標(biāo)簽結(jié)合。親和層析通常是一種最粗放的純化過(guò)程，一般在純化工藝的前期應(yīng)用。基于后續(xù)應(yīng)用的要求，可能只需要一步親和層析即可獲得純度合格的蛋白質(zhì)。

　　蛋白質(zhì)純化方法之離子交換層析法，主要基于其凈電荷的不同，通過(guò)蛋白質(zhì)與帶電荷的固定相之間的靜電作用力進(jìn)行分離。IEX有以下兩類(lèi):（1）陰離子交換層析（固定相帶正電荷，與帶負(fù)電的蛋白質(zhì)相結(jié)合）；（2）陽(yáng)離子交換層析（固定相帶負(fù)電，與帶正電的蛋白質(zhì)相結(jié)合）。離子交換層析常用于蛋白質(zhì)純化工藝中期。但是，對(duì)某些蛋白，在純化工藝的前期或后期采用該方法亦可獲得良好的分離效果。

　　蛋白質(zhì)純化方法之疏水層析法，主要是基于它們疏水性的不同。它常在蛋白質(zhì)純化工藝的中期使用。在HIC中，蛋白質(zhì)在高離子強(qiáng)度的緩沖液中與固定相結(jié)合，因此，無(wú)需更換緩沖液或者洗脫液即可在離子交換色譜之后直接應(yīng)用HIC。同樣，HIC也可以跟在通過(guò)用鹽類(lèi)沉淀快速去除部分而非全部蛋白質(zhì)的硫酸銨沉淀步驟之后實(shí)施。HIC有時(shí)在純化工藝的前期使用，有時(shí)也作為最后一個(gè)步驟來(lái)去除目標(biāo)蛋白中的微量雜質(zhì)。

　　蛋白質(zhì)純化方法之凝膠過(guò)濾層析法，是根據(jù)蛋白質(zhì)具有不同的水力學(xué)半徑將它們進(jìn)行分離，該數(shù)據(jù)主要通過(guò)測(cè)量分子尺寸和形狀兩方面信息獲得。與上述其他層析過(guò)程不同的是，蛋白質(zhì)不與SEC的固定相相結(jié)合，而是依靠它們通過(guò)惰性固定相的速度不同來(lái)完成分離。